Cours BioInformatique M1S1 2005/2006

Informations générales

Horaire : TP les Mercredi Groupe 1 à 14h. Groupe 2 à 16h.

Planning du cours

TD/TP

 TP N°1/2: Navigation Base de données

(à terminer lors de la seconde séance-)

 TP N°3/4: Séquences

Notes de cours

 Cours 1a:  Introduction 

 Cours 1a:  Logique 

 Cours 1c:  SQL (PDF 2Mo

 Cours 2a: Alignement de Séquences

Références & Webliographie

Livres de référence

• "Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer Science and Computational Biology", Dan Gusfield, Cambridge University Press, 1997.

• " Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids", R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh and G. Mitchison, 1998.

• "Introduction to Computational Molecular Biology", J. Setubal and J. Meidanis, PWS Publishing Company, 1997.

• "Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach", Pavel A. Pevzner, The MIT Press, 2000.

• "Current Topics in Computational Molecular Biology" T. Jiang, Y. Xu and M. Q. Zhang editors, Computational Molecular Biology series, A Bradford Book, The MIT Press, 2002.

Liens utiles pour le cours

• Ensembl: http://www.ensembl.org/

• Journaux
  • Journal of Computational Biology
  • Bioinformatics (formerly CABIOS)
  • Journal of Bioinformatics and Computational Biology (JBCB)
  • Journal of Molecular Biology
  • Nature
  • Proceedings of the National Academy of Sciences of the U.S.A.
  • Science

• Dictionnaires
  • The Biocomputing Glossary
  • A dictionary specializing in cell and molecular biology
  • A Genetics Glossary
  • UCMP Glossary
• Applet démontrant le fonctionnement de quelques algorithmes de bioinformatique

Collection d'articles

• Alignment de séquences

• Gene Myers
  • E. Myers and R. Durbin, ``A Table-Driven, Full-Sensitivity Similarity Search Algorithm," J. of Computational Biology, accepted. (Also appeared in: Proc. Workshop on Algorithms for BioInformatics (Rome, Italy 2002), 331-342.
  • E. Myers, ``A Fast Bit-Vector Algorithm for Approximate String Matching Based on Dynamic Progamming,'' J. of ACM 46, 3 (1999), 539-553. (Also appeared in: Ninth Combinatorial Pattern Matching Conference (Piscataway, NJ, 1998), 1-13.)